تضم الجامعة اثنتا عشر كليات هي:-
1 ـ كلية الطب (شندى):
تمنح بكالريوس الطب والجراحة في ست سنوات ( اثني عشر فصلاً دراسياً).
2 – كلية علوم المختبرات الطبية(شندى):
تمنح البكالريوس في أربع سنوات مع درجة الشرف ( ثمانية فصول دراسية) .
3- كلية علوم التمريض (شندى):
تمنح البكالريوس في أربع سنوات مع درجة الشرف (ثمانية فصول دراسية)
4 – كلية الصحة العامة (المتمة):
تمنح البكالريوس في أربع سنوات مع درجة الشرف(ثمانية فصول دراسية).
5 ـ كلية العلوم والتقانة ( شندي ) :
تمنح الكلية بكالريوس العلوم مرتبة الشرف فى خمس سنوات ( عشرة فصول دراسية) فى ( الفيزياء – الرياضيات – الكيمياء – الإحصاء التطبيقى – الحيوان – النبات – التقانة الإحيائية).
6 ـ كلية الاقتصاد والتجارة وإدارة الأعمال ( شندى) :
تمنح الكلية درجة البكالريوس في (الاقتصاد – التجارة – إدارة الأعمال – المحاسبة) بعد أربع سنوات دراسية (ثمانية فصول دراسية ) مع دراسة مشتركة لمدة فصلين دراسيين .
7 ـ كلية القانون ( المتمة ):
تمنح الكلية درجة بكالريوس الشرف في أربع سنوات( ثمانية فصول دراسية).
8 ـ كلية التربية (شندى):
أ – لإعداد معلمي مرحلة الأساس:
تمنح الكلية بكالريوس التربية مرحلة الأساس مع مرتبة الشرف فى أربع سنوات ( ثمانية فصول دراسية).
ب – برنامج التعليم الثانوى:
تمنح الكلية بكالريوس الشرف فى خمس سنوات (عشر فصول دراسية) فى:
-التربية والآداب ( الدراسات الإسلامية – اللغة العربية – اللغة الإنجليزية – الجغرافيا – التاريخ)
-التربية والعلوم (الرياضيات – الأحياء – الفيزياء – الكيمياء) .
9 ـ كلية الآداب ( شندى ):
تمنح الكلية درجة البكالريوس في أربع سنوات (ثمانية فصول دراسية) في العلوم التالية:- ( اللغة العربية – اللغة الإنجليزية – اللغة الفرنسية – التاريخ – الدراسات الإسلامية – الجغرافيا) مع دراسة مشتركة لمدة فصلين دراسين.
10 ـ كلية السياحة والآثار ( شندى ):
تمنح الكلية درجة البكالريوس العام وبكالريوس الشرف في التخصصات التالية:- (الآثار – المتاحف- السياحة – الفنادق ).
11 ـ كلية الدراسات التنموية ( طيبة الخواض ):
تمنح درجة البكالريوس فى التخصصات التالية:-
أ – بكالريوس تنمية المجتمع: تنمية المجتمع هي مجال متكامل لمفاهيم مشتقة من فروع عدة للمعرفة مثل ( الاقتصاد – الجغرافيا – علم الاجتماع – العلوم السياسية والإدارة ).
ب – بكالريوس التنمية الإقتصادية.
12 ـ كلية علوم الحاسوب وتقانة المعلومات ( شندى ):
تمنح الكلية درجة بكالريوس الشرف فى ( علوم الحاسوب – تقانة المعلومات – نظم المعلومات).