تضم جامعة شندي 15 كلية موزعة على نطاق محليتي شندي والمتمة تفاصيلها كالآتي:
1 ـ كلية الطب (شندي)
تمنح بكالريوس الطب والجراحة في ست سنوات ( اثني عشر فصلاً دراسياً).
2 – كلية علوم المختبرات الطبية(شندي)
تمنح البكالريوس في أربع سنوات مع درجة الشرف ( ثمانية فصول دراسية).
3- كلية علوم التمريض (شندي)
تمنح البكالريوس في أربع سنوات مع درجة الشرف (ثمانية فصول دراسية).
4 – كلية الصحة العامة (المتمة)
تمنح البكالريوس في أربع سنوات مع درجة الشرف(ثمانية فصول دراسية).
5 ـ كلية العلوم والتقانة (شندي)
تمنح الكلية بكالريوس العلوم مرتبة الشرف فى خمس سنوات ( عشرة فصول دراسية) فى ( الفيزياء – الرياضيات – الكيمياء – الإحصاء التطبيقى – الحيوان – النبات – التقانة الإحيائية).
6 ـ كلية الاقتصاد والتجارة وإدارة الأعمال (شندي)
تمنح الكلية درجة البكالريوس في (الاقتصاد – التجارة – إدارة الأعمال – المحاسبة) بعد أربع سنوات دراسية (ثمانية فصول دراسية ) مع دراسة مشتركة لمدة فصلين دراسيين.
7 ـ كلية القانون (المتمة)
تمنح الكلية درجة بكالريوس الشرف في أربع سنوات( ثمانية فصول دراسية).
8 ـ كلية التربية (شندي)
تمنح الكلية بكالريوس التربية مرحلة الأساس مع مرتبة الشرف فى أربع سنوات ( ثمانية فصول دراسية).
تمنح الكلية بكالريوس الشرف فى خمس سنوات (عشر فصول دراسية) فى: -التربية والآداب ( الدراسات الإسلامية – اللغة العربية – اللغة الإنجليزية – الجغرافيا – التاريخ) -التربية والعلوم (الرياضيات – الأحياء – الفيزياء – الكيمياء) . 9 ـ كلية الآداب ( شندى ): تمنح الكلية درجة البكالريوس في أربع سنوات (ثمانية فصول دراسية) في العلوم التالية:- ( اللغة العربية – اللغة الإنجليزية – اللغة الفرنسية – التاريخ – الدراسات الإسلامية – الجغرافيا) مع دراسة مشتركة لمدة فصلين دراسين.
10 ـ كلية السياحة والآثار (شندي)
تمنح الكلية درجة البكالريوس العام وبكالريوس الشرف في التخصصات التالية:- (الآثار – المتاحف- السياحة – الفنادق ).
11 ـ كلية الدراسات التنموية (طيبة الخواض):
تمنح درجة البكالريوس فى التخصصات التالية:- أ – بكالريوس تنمية المجتمع: تنمية المجتمع هي مجال متكامل لمفاهيم مشتقة من فروع عدة للمعرفة مثل ( الاقتصاد – الجغرافيا – علم الاجتماع – العلوم السياسية والإدارة ). ب – بكالريوس التنمية الإقتصادية.
12 ـ كلية علوم الحاسوب وتقانة المعلومات ( شندى ):
تمنح الكلية درجة بكالريوس الشرف فى ( علوم الحاسوب – تقانة المعلومات – نظم المعلومات).
13 ـ كلية الهندسة والعمارة (شندي)
تمنح الكلية درجة بكالريوس الشرف فى ( الهندسة المدنية – هندسة العمارة – الهندسة الكهربائية والإلكترونية ).
14- كلية طب الأسنان
تمنح الكلية درجة بكالريوس الشرف فى طب وجراحة الأسنان .
15- كلية التنمية البشرية والتكنولوجيا
تمنح الكلية درجةالدبلوم التقني نظام (3 سنوات) في (علوم التمريض – الصحة العامة – المحاسبة – تنمية المرأة – التنمية الريفية – تقانة المعلومات – شبكات الحاسوب – صيانة الحاسبات والدعم الفني – تقنيات الويب).